Відділ функціональної геноміки

Науковий напрямок:

Регуляція функціонального різноманіття адапторних білків

Пошук і аналіз генів, потенційних супресорів пухлин, пов'язаних з розвитком раку епітеліального походження

Регуляція експресії генів на рівні альтернативного сплайсингу в нормі та при патологіях

Молекулярна ретровірусологія

Сучасні наукові дослідження:

• Вивчається роль альтернативного сплайсингу в регуляції функції адапторного білку інтерсектину 1 (ITSN1), який бере участь в ендоцитозі, апоптозі, передачі мітогенного сигналу та перебудовах актинового цитоскелету. Виявлено п'ятнадцять нових подій альтернативного сплайсингу транскриптів ITSN1. Показано вплив альтернативного сплайсингу на взаємодію SH3A-домену ITSN1 з білками та встановлено існування в нейронах двох пулів ізоформ ITSN1 з відмінними функціями.
• Проводиться пошук нових білків-партнерів ITSN, аналіз їх взаємодій та визначення функціональних відмінностей між паралогічними генами родини інтерсектинів.
• Досліджується статус метилювання, генетичні зміни та експресія ідентифікованих за допомогою NotI-мікроареїв генів 3-ї хромосоми людини, потенційно пов'язаних з розвитком пухлин епітеліального походження з метою використання їх для створення наборів множинних молекулярних маркерів для клінічних прогнозів перебігу захворювання та вибору стратегії лікування.
• Проводиться ідентифікація, локалізація та визначається експресія ендогенних ретровірусів у геномі хазяїна з метою визначення їх участі у формуванні новоутворень.

Вибрані публікації:

1. Tsyba, L., Gryaznova, T., Dergai, O., Dergai, M., Skrypkina, I., Kropyvko, S., Boldyryev, O., Nikolaienko, O., Novokhatska, O. and Rynditch, A. (2008) Alternative splicing affecting the SH3A domain controls the binding properties of intersectin 1 in neurons. Biochem Biophys Res Commun, 372, 929-934.
2. Borisenko, L., Stepanets, V. and Rynditch, A.V. (2008) Molecular characterization of full-length MLV-related endogenous retrovirus ChiRV1 from the chicken, Gallus gallus. Virology, 376, 199-204.
3. Kvasha, S., Gordiyuk, V., Kondratov, A., Ugryn, D., Zgonnyk, Y.M., Rynditch, A.V. and Vozianov, A.F. (2008) Hypermethylation of the 5'CpG island of the FHIT gene in clear cell renal carcinomas. Cancer Lett., 265, 250- 257.
4. Kashuba, V.I, Skripkina, I.Ia, Saraev, D.V, Gordiiuk, V.V, Vinnitskaia, A.B, Tsyba, L.A, Pogrebnoi, P.V, Blinov, V.M, Zabarovskii, E.R, Rynditch, AV. (2006) Identification of changes in gene loci potentially associated with cervical cancer using NotI microarrays. Ukr Biokhim Zh., 78, 113-120.
5. Razin, S., Rynditch, A., Borunova, V., Ioudinkova, E., Smalko, V. and Scherrer, K. (2004) The 33 kb transcript of the Chicken ?-globin gene domain is part of the nuclear matrix. J. of Cell. Biochemistry, 92, 445-457.
6. Tsyba, L.O., Skrypkina, I.Ya., Rynditch, A.V., Nikolaienko, O., Ferenez, G., Fortna, A. and Gardiner K. (2004) Alternative splicing of mammalian Intersectin 1: domain associations and tissue specificities. Genomics, 84, 106-113.
7. Tsyba, L., Rynditch, A., Boeri, E., Jabbari, K. and Bernardi, G. (2004) Distribution of HIV-1 in the genomes of AIDS patients. Cell. Mol. Life Sci., 61, 721-726.